L’Archivio di Stato di Pisa venne istituito con decreto del governo provvisorio toscano del 22 febbraio 1860 e fu inaugurato il 4 giugno 1865. A questa data vi si trovavano depositati gli archivi del Comune di Pisa (sec. XI-XIX), dell’Ufficio Fiumi e Fossi (1475-sec. XIX), del Commissario di Pisa (1510-1808), dell’Auditore di Governo di Pisa (1814-1849), dell’Opera della Primaziale (1277-1831), degli Spedali Riuniti di S. Chiara (a partire dal 1240), della Gabella dei Contratti (1407-1808), dell’Ordine dei Cavalieri di S. Stefano (1561-1859), dei Tribunali, dell’Università di Pisa (a partire dal 1472), della Pia Casa di Misericordia (1307-sec. XIX), e altri archivi minori. Fu trasferito da Firenze due anni più tardi il fondo delle Corporazioni Religiose Soppresse delle diocesi della provincia pisana. Seguirono altri depositi fra cui si segnalano gli archivi di famiglia (Alliata (1333-sec. XIX), Del Testa (XV-XIX), Roncioni (secc.XIV-XIX), Upezzinghi (1292-sec. XIX), ecc.), del Catasto toscano ottocentesco, del Comune postunitario di Pisa, del Comune di Bagni a S. Giuliano (1510-1808), del Comune di Lari (1533-1866) del Distretto Militare (classi 1844-1916), della Prefettura (sec. XIX-XX), dell’Università di Pisa (sec. XIX-XX), del Consolato austroungarico di Livorno (1751-1915). Oltre a queste grandi risorse cartacee esiste anche un archivio Diplomatico di più di 22.000 pergamene (799-1852).
La sede originale dell’Archivio di Stato fu sopra la Loggia dei Banchi, che oggi rimane come sede distaccata, mentre nei primi anni del Novecento la sede principale si trasferì nei locali più spaziosi di Palazzo Toscanelli sul Lungarno Mediceo.
