L'Archivio di Stato di Cremona è stato istituito con d.m. 21 novembre 1955, grazie all'intervento dell'Amministrazione Provinciale di Cremona, che aveva apprestato i locali e le attrezzature necessarie per il funzionamento della Sezione d'Archivio di Stato, nonchè stanziato in bilancio una congrua somma per le spese occorrenti all'attività di conservazione degli atti.
La sede iniziale era situata in via Palestro, in locali concessi dal Comune di Cremona.
Nel giro di pochi anni all'Archivio confluì la documentazione dei principali Uffici dello Stato ed anche di alcuni importanti Enti locali (in primis il Comune di Cremona e l'Ospedale Maggiore) e nel 1979 si rese necessario il trasferimento nella più ampia sede di via Antica Porta Tintoria, di proprietà dell'Istituto Educativo Cremonese amministrato dalla Fondazione Città di Cremona. Il grande edificio che oggi ospita l'Archivio di Stato risale agli inizi del Novecento ed ha alle spalle una lunga storia e una diversa destinazione rispetto all'attuale. Nacque infatti come sede della pia casa istituita nel 1837 su iniziativa del sacerdote cremonese Ferdinando Manini da cui prende il nome. L'Istituto Manini era stato dapprima ospitato nell'edificio insediato tra le contrade Rossa e Cantarane (oggi via Geromini e via Antica Porta Tintoria), noto come "casa Archetti" dal nome della nobile proprietaria a cui si deve la trasformazione in palazzo, avvenuta tra il 1800 e il 1826, di alcuni edifici preesistenti in quell'isolato cittadino. La costruzione fu acquistata nel 1837 dal nobile cremonese Gaetano Bolzesi e donata, dopo la sua morte, dalle figlie Giulia Mina Bolzesi ed Enrichetta Bolzesi Grasselli al sacerdote Manini per ospitarvi il costituendo "Istituto di ricovero per giovinetti discoli e corrotti".
