L’Archivio di Stato di Mantova fu istituto con regio decreto n. 4511 del 24 luglio 1868, atto con cui il Ministero della Pubblica istruzione, all’epoca ministero di riferimento per l’amministrazione di una parte degli Archivi di Stato italiani, approvò il “ruolo degli impiegati dell’Archivio di Mantova”, in servizio presso il dissolto Archivio governativo nato nel 1786 durante la dominazione asburgica della provincia mantovana.
L’Istituto raccolse la documentazione di pertinenza degli organi amministravi e giudiziari insistenti nel territorio mantovano a partire dal 1787, accogliendo inoltre la documentazione degli uffici periferici statali della provincia non più utilizzata per la gestione degli affari correnti.
La sede dell’Istituto al momento dell’erezione rimase la medesima dell’Archivio governativo, ovvero il Castello di San Giorgio, fino al trasferimento in via Ardigò presso l’ex collegio gesuitico negli anni ’10 del Novecento.
Con convenzione del 30 giugno 1899, ratificata con regio decreto n. 502 del 19 luglio, l’Archivio di Stato ricevette in deposito dall’amministrazione comunale di Mantova gli atti anteriori al 1787, compreso il prezioso Archivio Gonzaga. La convenzione stabilì che il deposito sarebbe stato revocato solo in caso di soppressione dell’Archivio di Stato.
La sede dell’Istituto, tutt’ora ubicata nell’ex complesso gesuitico, è stato oggetto a partire dal 1993 di un intervento di restauro e recupero funzionale. I lavori hanno riguardato rispettivamente: la navata della chiesa (1994-1996), ora deposito principale; i locali al piano terra per i servizi al pubblico, inaugurati nel 2000, con la sala studio e il laboratorio di fotoriproduzione; l'ingresso principale inaugurato nel 2002; infine il restauro della sacrestia, diventata sala mostre e conferenze, e dei relativi locali di accesso da via Dottrina Cristiana 4, completati nel 2006.